Молодой воин по имени Наска попадает в давно забытый храм бога Инти. Чтобы выбраться из храма и получить священный свиток инку надо сыграть в любимые игры бога Инти.

Игра Inca Story представляет собой сборник из четырех независимых аркадно-логических игр. В каждой из игр пятьдесят оригинальных уровней.

Главная задача в каждой из игр убрать с поля заданное количество шаров, при этом есть два варианта игры, игра на время и игра на количество ходов.

В игре на время у вас есть определенное количество времени, за которое надо убрать с игрового поля шары при неограниченном количестве ходов. В игре на количество ходов у вас есть определенное число поворотов шаров и неограниченное время. Время или ходы отображаться в виде зеленой полоски внизу экрана.

Количество шаров, которые необходимо убрать отображается рядом с пиктограммой в виде трех шариков. В игре вам дается три попытки, но в процессе прохождения игры вы сможете получить дополнительные попытки. Существует три типа сложности игры, которые отличаются количеством шаров для уничтожения и количеством времени/ходов на прохождение уровня.